厂房和商铺的拆迁合法性，取决于具体的法律和规定。以下是普通的状况：

1.城市规划法规定了城市土地的作用规划和管理，地方政府有权依据城市进步需要，对土地进行规划调整，包含拆迁。因此，在城市规划需要的状况下，厂房和商铺的拆迁是合法的。

2.拆迁程序一般需要经过政府批准，并遵循有关程序和规定。地方政府需要进行评估和规划，知道拆除的必要性和影响，协商并与有关当事人达成共识，比如提供适合的补偿等。

3.在拆迁过程中，权益保护也是尤为重要的。依据法律，拆迁方需要提供适当的补偿和安置安排，以保障被拆迁人的利益，并确保其可以保持正常生活和业务。

然而，尽管有有关法律规定和程序，拆迁过程中仍可能出现一些争议和纠纷。可能涉及到补偿标准、协商过程、安置安排等方面。在这样的情况下，被拆迁方可以通过法律渠道进行维权，比如提起诉讼或申请行政复议等。

总结起来，厂房和商铺的拆迁在符合有关法律和规定的首要条件下是合法的。拆迁过程中，需要政府和拆迁方充分尊重被拆迁人的合法权益，并提供适当的补偿和安置安排。同时，被拆迁方也应通过合法方法维护我们的合法权益。