协议纠纷起诉一般不是根据协议额来确定，而是依据具体的争议内容和损失程度来确定赔偿金额。

协议纠纷起诉是指当协议双方之间存在争议或纠纷时，一方通过法律渠道向法院提起诉讼，寻求解决争议并获得适当的赔偿。在诉讼程序中，法院会依据事实、法律和有关证据来判断和裁决。虽然协议金额是争议案件的一个要紧参考原因，但一般不是唯一决定赔偿金额的依据。

在协议纠纷中，赔偿金额的确定主要取决于以下几个方面：

1. 损失程度：法院会评估受害方因他们违约或其它违法行为所导致的实质损失，包含经济损失和非经济损失。经济损失包含协议额、收益损失、债务违约金等；非经济损失包含声誉损失、精神损害等。法院会依据损失程度来确定赔偿金额。

2. 违约责任：法院会判断协议双方在违约问题上的责任程度。假如一方完全违约，那样受害方一般有权获得全额赔偿；假如一方部分违约，那样法院会依据违约程度来判断相应的赔偿金额。

3. 协议约定：若协议中有关于违约责任和赔偿金额的约定，法院会依据协议条约来判断赔偿金额。协议约定的赔偿金额可能是固定的金额、违约方按肯定比率支付的金额或者违约方承担的实质损失。

综上所述，协议纠纷起诉时，赔偿金额的确定主要取决于受害方的实质损失与协议约定。协议金额一般只不过一个参考原因，法院会综合考虑多种原因来最后确定赔偿金额。